有機肥中不僅含有有機蘋果樹生長所需要的各種營養元素，而且在其他許多方面均有良好的作用。
有機肥中不僅含有蘋果生長發育需要的各種必須營養元素，雖然含量與化學肥料相比偏低，但品種全，不僅含有果樹生長需要的大量營養元素氮、磷、鉀、鈣、鎂、硫等，還含有果樹營養生長所需要微量元素如鋅、鐵、B、錳等。對于協調各種養分元素的供應方面有十分重要的作用。同時，有機肥在養分供應方面較為遲緩，一般不易出現肥害現象且供應時間長而均衡生長中不易出現脫肥現象。
有機肥可顯著改善土壤的物理性質。試驗表明：將有機肥與土壤混合后。有機肥中的有機質與土壤中的固體顆粒相互交接，可生成具有較好作用的土壤結構。團粒結構的形成可使土粒間的黏結力下降2~6倍，黏著力下降60%，不僅使果園的農事操作較為省力，而且可大幅度地降低根系的生長阻力，有助于根系的延伸及對養分的吸收利用。
有機肥可提高土壤對養分的緩沖能力，降低肥害，提高肥效。有機肥中的有機物質在分解過程中可產生大量的有機酸和腐殖酸類物質。這些酸性物質不僅能促進土壤中所含的磷、鐵、鋅等植物必需營養元素的釋放，而且還可與施入的尿素、碳酸氫銨等結合、將其吸附于這些酸性物質的表面降低了土壤溶液中的銨離子的濃度，可防止大量施用銨態氮肥較易發生的根系銨中毒；同時減少了氮肥的揮發和淋溶損失。吸附固定的氮肥又可在蘋果樹的生長過程中不斷地釋放，均衡地供給果樹吸收利用；不但提高了肥效，同時還協調了土壤的養分供應。
有機肥中含有的深色物質能提高土壤對太陽能的吸收，有利于提高早春的地溫。蘋果樹的根系能耐一定的低溫，一般土壤溫度在5℃左右開始活動吸收養分，但其吸收養分的速率和能力隨地溫的升高而逐漸增加，至地溫達30℃左右時有一最高值，而后開始逐漸下降。在早春果樹地上部分還未大量生長時，陽光可大量的照射到地表，施入有機肥的土壤顏色較深，太陽能吸收較多、地溫升高較快，能促進根系早活動、多吸收積累一些養分供樹體萌發之后利用，促進蘋果的生長發育。
使用有機肥形成的團粒結構，增加了土壤空氣含量提高根系的呼吸，可促進對養分的主動吸收；同時較大的土壤孔隙能較好地滲吸降雨，將雨水轉變為土壤水保存于土壤中不僅可防止水土流失，而且可減少灌溉次數。有機肥中所含的有機物質在分解過程中產生的許多分解物具有一定的生理活性，可刺激根系生長提高根系的吸收能力
